PHP como CGI ou como módulo de Apache

A diferença do PHP como CGI do apache é que ele é configurado como um "assistente" e assim é menos propício à problemas, porém menos seguro tb.

Já o PHP como módulo do apache, vira uma extensão do WebSever(no caso apache), habilitando mais opções, módulos e etc, é mais seguro, porém o risco de problemas é maior.

Basicamente a diferença é Speed and Power, os sites normalmente instalam o PHP como modulo do webserver (Apache, Nginx...)

Mais:
Installed as CGI binary [ca.php.net] 
Installed as an Apache module [ca.php.net]